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始まりが定かでなく、数年にわたる下痢をいいます。ふつう、慢性下痢はゆるやかで、急性下痢のはげしさとは異なります。
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原因には、腸自体の病気である潰瘍性大腸炎、スプルー、ウイペル病などがありますが、多くは他の臓器の病気とか、胃の手術後の機能異常、全身性疾患の一つの症状としてあらわれます。慢性下痢を理解しやすくするため、胃性下痢、膵性下痢（小腸）、過敏性大腸症候群、潰瘍性大腸炎（大腸）と分けてみました。
無酸性（胃酸欠乏症）がその原因ですが（老人の胃がんによる無酸症など）、胃酸（塩酸）が欠乏するとたんぱく質の消化が悪くなり、また食物の殺菌作用も不十分なまま、食物が早めに小腸に移動し、上部小腸の感染が起こります。また膵液分泌も減り、消化不良と栄養の吸収障害となって下痢になります。胃潰瘍、十二指腸潰瘍、胃がんなどで胃を切り取った場合も、これに似た症状となりますが、特にこの場合は、食物が非常に早く小腸に流れ込み、消化液とよく混ざらず、早い速度で小腸を通り過ぎるため、栄養がよく吸収されずに下痢となります。治療には、消化酵素剤と人口胃酸を与えられるようです。食事療法としては、胃を切除した人の場合は、食事の回数を増やし（1日5〜6回）、少量ずつ時間をかけ、よくかんで食べることです。
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